Подробнее:
когда читаешь из файла, то делай так
допустим у переменная
$string это строка из файла = "this is\nmy string", где
\n - это перевод строки для *НИКСа, а для ХТМЛ нам надо это заменить на <br>, для чего мы делаем финт ушами:
$string = nl2br($string);
echo $string;
Вот так все \n меняются на <br>.