прозрачным он будет виден только в эксплорере,
если выбрать опцию в Publish settings.
а в нафигаторе нет поддержки
а чтоб вставить в слой - в теги <span></span>
перетащи все то, что флеш сам генерит - погляди внутрь его
html, что-то вроде:
<span style="position: absolute; left: 12; top: 16; z-index: 1">
<OBJECT classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-
444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=5,0,0,0"
WIDTH=200 HEIGHT=200 >
<PARAM NAME=movie VALUE="
твой.swf "> <PARAM
NAME=quality VALUE=high> <PARAM NAME=bgcolor
VALUE=#FFFFFF> <EMBED src="
твой.swf " quality=high
bgcolor=#FFFFFF
WIDTH=200 HEIGHT=200
TYPE="application/x-shockwave-flash"
PLUGINSPAGE="http://www.macromedia.com/shockwave/download/index.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash"></EMBED>
</OBJECT>
не забудь заменить "твой.swf" на свой swf и поставить свои размеры
для paste

Код:
<span style="position: absolute; left: 12; top: 16; z-index: 1">
<OBJECT classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=5,0,0,0"
WIDTH=200 HEIGHT=200>
<PARAM NAME=movie VALUE="metro.swf"> <PARAM NAME=quality VALUE=high> <PARAM NAME=bgcolor VALUE=#FFFFFF> <EMBED src="metro.swf" quality=high bgcolor=#FFFFFF WIDTH=780 HEIGHT=1135 TYPE="application/x-shockwave-flash" PLUGINSPAGE="http://www.macromedia.com/shockwave/download/index.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash"></EMBED>
</OBJECT>