http://www.disarea.com/labs/002/
это сделано в Illustrator. Покадрово применён фильтр FilterIt 3D effects/Wave Z с перемещающимся центром применения фильтра (от края до края) - 10 кадров. Потом экпорт в SWF и там немного оптимизации. Можно пробовать волну не только по оси Z (там есть такой фильтр), но тогда трудно состыкавать первый и последний кадр.
Может релультат и не супер, но зато реально этот пример делается минут за 15.