mxmlc сам находит зависимости. Т.е. достаточно импортировать зависимый класс чтобы компилятор его нашел.
Кроме этого, нужно чтобы все исходники, которые можно найти были видны компилятору (опция -sp).
Справку компилятор сам распечатает если вызвать с опцией -h. Но можно прочитать еще и тут:
http://www.docsultant.com/site2/articles/flex_cmd.html.