[undefined]

Под рабочими файлами ты подразумеваешь тот xml?
Он у меня тут лежит
C:\Program Files (x86)\FlashDevelop\Settings\Platforms\AS3\
Как и у тебя
Дописал там
<version value="20.0" swf-version="31" />
и в дескрипторе приложения руками версию поставил 20, результат - окошко выше.Оно в принципе не сильно мешает, скорее настораживает.