Не фига не разобрался, не устраивает вариант по z. Надо менять местами детей непосредственно в самой сцене, т.к когда объекты в сцену располагаются их глубина друг от друга явно зависит от индекса в котором они находятся, да и метод setChildIndex предназначен именно для этого. Но метод не работает.
Код AS3:
scene.setChildIndex(targetObject, 0);
По идее объект должен поменяться местами с тем объектом, у которого index равен 0. Но ничего не меняется.