Можно пробовать вот так

Код:
<script>
function sendFromJS(value) {
var movie = (navigator.appName.indexOf("Microsoft")!=-1 ? window : document)["BridgeMovie"]
movie.jsToFlash(value);
}
</script>
Где флешь вставлен через эмбед

Код:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab" name="BridgeMovie" width="500" height="300" id="BridgeMovie">
<param name="movie" value="hero.swf" />
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<embed src="hero.swf" name="BridgeMovie" align="middle" play="true" loop="False" quality="high" allowscriptaccess="sameDomain" width="500" height="300" scale="exactfit" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer">
</embed>
</object>
BridgeMovie - встречается в id и в name и у объекта и у эмбеда. Не помню обязательно это или нет. Надо тестировать.
Насчет SwfObject не знаю, сработает ли метод. Надо тестировать.
Код взят с рабочего проекта.
Ошибка может быть в том, что сначала надо получить ссылку на объект (в переменную) а потом уже у переменной вызывать метод jsToFlash