stage.width и stage.height возвращают физические размеры контейнера, основываясь на размерах и положениях все его детей.
Main - это документ класс, который лежит поверх стейдж и используется как основной контейнер для приложения. В данном случае
Код AS3:
graphics.drawRect(0, 0, 1024, 768);
Рисует в Main графику размерами 1024х768, поэтому stage.width и возвращает 1024, так как на сцене теперь лежит объект таких размеров. Если туда добавить что-то еще, выходящее за рамки 1024, то в stage.width будет совсем другое число. Так что это все хрень, и подход не верный.
Есть только два варианта менять размеры stage.
Первый уже написал
udaff
А второй - указать размеры в коде встройки в вебстраницу. Но в этом случае размер будет меняться только при расположении ролика на сайте
В AIR можно задавать размеры сцены напрямую, через stage.width = и stage.height =