Фотошоп не нравится. Врукопашную — это непотребство. А скрипты/action писать лениво. К тому же это приводит к двум папкам с исходными изображениями для атласа, двум проектам в том же Shoe Box и т.д.
Ну короче никак не сравнится с галочкой "AutoSD".
Не говоря уже о том, что порой и масштаб атласа (в том числе и без сглаживания) в работе необходим. Вот! Вспомнил! Я как раз портировал игру с AIR на HTML5, который не может гарантировать отрисовку canvas-а без сглаживания! И вот если в AIR у меня атлас был махонький, то для HTML5 необходимо было сразу сделать пиксель 4x4. Так вот в Texture Packer я просто ввел в поле масштаба 4, а в списке "Scale mode" выбрал "Fast". И все. Никаких доп. действий. Shoe Box я решил попробовать именно в этот период
и он с порога не справился с первой же задачей.