открой obj\Prototype4Config.xml
и подключи явно в ноде compiler

Код:
<library-path>
<path-element>C:\Users\Anon\AppData\Local\FlashDevelop\Apps\flexairsdk\4.6.0+15.0.0\frameworks\libs</path-element>
<path-element>C:\Users\Anon\AppData\Local\FlashDevelop\Apps\flexairsdk\4.6.0+15.0.0\frameworks\libs\mx</path-element>
</library-path>
возможно что-то в переменных среды в системе, открой посмотри и ищи какой нибудь кривой путь, или что-то с настройками java потому как из flexsdk flex-config.xml пути прописаны относительные, загляни в C:\Users\Anon\AppData\Local\FlashDevelop\Apps\flexairsdk\4.6.0+15.0.0\frameworks посмотри что там все либы есть. перенеси вконце концов папку 4.6.0+15.0.0 куда-то в другое место и переименуй например C:\flexsdk\4.6.0