В классах. Модно писать в той же Adobe Flash, но это не удобно. Наиболее удобные и массовые проги - FlashDevelop, Adobe Flash Builder, Intellij IDEA. Из них бесплатная и самая легкая FlashDevelop. Лично мне она больше всех нравится. Но это дело вкуса.
Можно через Embed подключать, можно создавать библиотеки SWC и подключать их проекту. Или даже грузить графику в рантайме через Loader / URLLoader