1. Таймер у Вас создается локально и будет удален после выполнения метода.
2. Удалить все из контайнера -
Код AS3:
container.removeChildren();
Добавлено через 1 минуту
3. Переменная без модификатора доступа, FD должен желтым предупреждение выводить.
Добавлено через 3 минуты
4. Зачем мячик в flyBall передаете?
Добавлено через 5 минут
5. Обращаетесь к элементу массива сто раз , нужно так -
Код AS3:
// до цикла...
var ball:Ball;
// в цикле...
ball = new Ball;
ball.x = 10;
addChild(ball);
array[i] = ball;