Буфер обмена не один. Есть для файлов, есть для текста, есть для отформатированного текста. У флеша доступ есть к одному, как у блокнота. В AIR можно.
UPD. Хотя вру, судя по хелпу можно и другие буферы читать и во flash player -
http://help.adobe.com/ru_RU/FlashPla...Clipboard.html