Не отчаивайся.
Полагаю, проблема в описании проблемы.
Ты хочешь, чтобы графика и анимации из Flash IDE, которые ты скармливаешь приложению в виде SWC, наследовались не от стандартных Sprite или MovieClip, а от твоих собственных классов, да чтобы они не были простыми пустышками-метками, а именно содержали в себе код?
В таком случае решения два:
1. Прописывать эти классы непосредственно в Flash IDE (для этого сама IDE должна их видеть), чтобы они уже в SWC были унаследованы правильно.
2. Использовать композицию. В результате у тебя получится класс, который содержит в себе необходимую графику/анимацию в том простом виде, в котором она представлена в SWC. И уже этот класс реализует все необходимые действия.
Пример:

Код AS3:
package
{
public class CustomAnimationClass extends Sprite
{
private var _animationFromSWC:MovieClip;
public function CustomAnimationClass()
{
this._animationFromSWC = new AnimationFromSWC();
this._animationFromSWC.stop();
}
public function someAction():void
{
// Проигрываем необходимую анимацию
this._animationFromSWC.gotoAndPlay(100500);
// Дальше уже что угодно.
// Можно слушать у нашей анимации событие ENTER_FRAME
// и по достижении конца анимации перейти на определенный кадр
// или новую анимацию. Или событие какое-то послать и т.д.
}
}
}