[caseyryan]

А как он может не быть мувиклипом, если слушатель установлен на мувиклип?

stage - это не мувиклип. Мувиклипом у вас является документ класс, который лежит на стейдж. Большинство новичков путаются в этом, и часто считают что методы addChild() addEventListener() и т.д. равнозначны stage.addChild(), stage.addEventListener() ... Хотя на самом деле они эквивалентны этому this.addChild(), this.addEventListener()...

Если я правильно понимаю, тут создается ссылка на объект по которому был совершен клик. Нельзя ли к нему обратиться напрямую по имени экземпляра? Ведь с ним есть связь через слушатель и нам в конце концов известно его имя:

Нет, нельзя. Имя это условность. В данном случае A (кстати это моветон, писать названия переменных с большой буквы, а названия классов с маленькой, надо наоборот) не является именем объекта, как это происходит с instance name во flash ide. Это название переменной, причем локальной, доступной только в конструкторе Main. В обработчике mouseClickHandler к ней уже нет никакого доступа.

Есть ли возможность вывести некую визуальную карту объектов в списке отображения и их связей? Например как это делается с массивами в php:

нет

caseyryan, данный код не работает.

А так?

stage.addEventListener(MouseEvent.CLICK, mouseClickHandler, true);