1) пофиг. У меня напрмиер главная вью - просто иннициализатор контейнеров и основных вьюх.
2) пофиг. Структуры ваших деревьев будут зависеть от ваших пожеланий. Тут предполагается, опять же, подумать
3) лучше не надо, но вцелом как ваша душа желает. Можно например сделать главный контроллер и в нем два дочерних, тогда они будут общаться через главный диспатчами.