1. Про lib не знаю, возможно. баг какой-то. Создайте сами
References - это быстрый доступ к подключенным внешним классам. То есть, классы и фреймворки, прописанные в настройках самой программы и присутствующие во всех проектах.
2. При установке есть галочка для установки Flex - по умолчанию, она стоит.