И не забываем, что файл нужно перезаписывать при копировании:
Код AS3:
embededSessionDB.copyTo(writeSessionDB, true);
И на закуску. Нашел решение как автоматом проставлять versionNumber в Flash Builder
http://stackoverflow.com/a/8156809/381436
Добавлено через 40 минут
Кто шарп и регулярки в шарпе знает?
Что
здесь нужно поменять, чтобы вместо android:versionCode изменялся на +1 версия в дескрипторе AIR приложения?
Синтаксис: <versionNumber>0.5.4</versionNumber>