Да почему же, смотрите:
1. Ошибка возникает когда флеш загрузив флексовую свфку инициализирует флексовый Application и в нем создает дефолтное контекстное меню, тут никакой тайны нет. Вопрос как избежать этого действия.
2. байты и с мейна и со стейджа одни и те же.
Спасибо за ссылки, но они давно прочитаны и они ни слова не говорят о моей проблеме (worker из mxml). И в видео он создает as3 проект а вовсе не флексовый. Воркеры я создавать умею, они успешно работают. Но с mxml вот такая трудность.
Попробуйте создать самый базовый флекс проект, и из него загрузить самого себя как воркер и не получить ошибку:

Код:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<s:Application xmlns:fx="http://ns.adobe.com/mxml/2009"
xmlns:s="library://ns.adobe.com/flex/spark"
minWidth="955"
minHeight="600"
initialize="onInit();">
<fx:Script>
<![CDATA[
import flash.system.Worker;
import flash.system.WorkerDomain;
private function onInit():void
{
addEventListener(Event.ADDED_TO_STAGE,onAdded);
}
protected function onAdded(event:Event):void
{
removeEventListener(Event.ADDED_TO_STAGE,onAdded);
var d:WorkerDomain=WorkerDomain.current;
var worker:Worker = d.createWorker(loaderInfo.bytes);
worker.start();
}
]]>
</fx:Script>
<s:Button>
</s:Button>
</s:Application>