[Gantenbain]

Сtrl+N, любой рисунок, build+run (flash) -> export filter for flash player
Тоже не сохраняет pbj? Помню, когда-то имел проблему, пытаясь присваивать версии фильтрам, но не помню, в чем она выражалась. Случай странный у Вас. В системных логах нет ли намека на проблему?

Добавлено через 9 часов 37 минут
Я понимаю, что это не ответ на Ваш вопрос, но, чтобы не стоять на месте (если написание шейдера жизненно необходимо), попробуйте воспользоваться библиотекой pbjAS-0.1.swc James Ward, и напишите на ассемблере. Вы убедились, что код шейдера рабочий, параметры шейдера у Вас есть. Вы можете написать более оптимизированный код, чем дает PB. Единственно, мной замечено, что в реализации James Ward функция div (деление) ведет себя странно, но есть альтернатива - rcp.