Проблема в том, что Stage3D всегда отображается ниже Stage:
(Изображение отсюда:
Adobe)
Feathers на Stage3D, as3Isolib на flash.display.Stage, соответственно, первый всегда будет отрисовываться за вторым.
Используют вариант с отрисовкой в BitmapData(либо GUI, либо изометрии), но это будет очень медленно и для игры не годится. Есть еще кривой хак: считать размеры всех компонетов GUI, создавать по ним маску, инвертировать её, и применять к контейнеру изометрии. Тогда поверх Stage3D в местах наличия элементов GUI ничего отрисовываться не будет. Но это плохие советы, лучше просто не смешивать эти два режима отрисовки в чем-либо серьезном, требующем хорошей производительности.