Если флешка в вебе, то можно сделать нечто вроде этого:
Код AS3:
ExternalInterface.call("alert", AText);
Это вызовет JS-функцию alert, которая "покажет" соответствующее сообщение. Для AIR вроде есть возможность вызывать системные окна, но тут не уверен, можно посмотреть в документации Adobe.