[Gaen]

Альтернатива накрытию спрайтом - ловить клики у контейнера приложения в capture-фазе и убивать их, если они идут куда-либо кроме контейнера модельных окон. Делается реально в две строчки (assuming we're inside some ModalWindowManager class):

private function modalClick(e:MouseEvent):void{
    if(!this.modalModeActive) return;
    if(!this.modalContainer.contains(e.target)) e.stopPropagation();
}