Альтернативы флеша для PC нету и в ближайшем будущем как то и не видно. А вот у air с его тормозами, как мне кажется, вообще перспектив нет. Пока адоби монетизирует, опенсорсный haxe делает air по быстродействию в разы. У haxe есть конечно свои проблемы, но тем не менее.
Я щас потихоньку приглядываюсь к cocos2d-x. Куча платформ, отличная поддержка.
Для анимации можно Spine использовать(
http://www.youtube.com/watch?feature...&v=Eg7M43MoPu8)
Ну и LevelHelper очень порадовал, уровень с физикой для игры типа AngryBirds за 5 минут(
http://www.youtube.com/watch?v=1PORTKtFrJo)
Было бы оптимально конечно если бы кокос еще и флеш поддерживал.