Каким образом ролик 800*600 занимает всю площадь плеера при размере 920*492 и режиме noScale???
Хотя...
В свойствах компонента AxShockwaveFlash на форме есть поля
CtlScale и SAlign. Они отвечают за выравнивание и скалирование контента.
При этом одновременно в коде ролика можно указать параметры stage.align и stage.scaleMode, например:

Код AS1/AS2:
stage.align = StageAlign.TOP_LEFT;
stage.scaleMode = StageScaleMode.NO_SCALE;
что соответствует CtlScale=NoScale (или ScaleMode=0) и SAlign=LT (или AlignMode=5),
Глюки можно словить, если в свойствах контрола и в коде пытаться указывать разное поведение. Кроме того, нужно смотреть и на процесс инициализации как формы с контролом, так и ролика. Т.е. что и в какой последовательности выполняется. Анкоры, наложенные на контрол, могут добавить путаницы.
Выкладывайте пример проекта (C# и AS 3), где у вас происходят "непонятные" вещи. Не видя конкретного кода, трудно что-либо сказать..разве что пару общих фраз типа "чего-то вы там перемудрили" и "попробуйте все сначала"

.
И да, кнопочки со съехавшими картинками - это флеш или родный кнопки WinForms? Какое у них выравнивание и анкоры? Меню тоже выглядит странно, больше похоже на тулбар..
Вобщем, у меня сложилось впечатление, что вы пытаетесь как-то "своеобразно" проинициализировать приложение, оттого и глюки.