[caseyryan]

Нет универсальной структуры классов, как и нет универсального способа создать игру.
Есть разные шаблоны проектирования (design patterns), вот о них и нужно читать, чтобы понять как лучше организовывать проекты. Люди придумавшие эти шаблоны тоже когда-то наступали на все те же грабли, и придумывали способы их грамотно обходить.

п.с. Есть даже книга ActionScript 3.0 Design Patterns. У нее даже перевод на русский есть. Советую почитать.
Не могу сказать, что книга просто супер, но некоторое представление о том как все должно работать даст однозначно.