[Wolsh]

Это не изменяет цвет, а задает цвет для будущего рисования.

Добавлено через 7 минут
Даже если Вы не согласны с советами сделать Cell отдельным классом, то хотя бы сделайте вразумительно сами спрайты-клетки. Зачем Вы рисуете в них в разных координатах? Рисуйте в (0, 0), и расставляйте спрайты в нужные координаты прямо в этом же цикле.

Добавлено через 14 минут

var cellSize:uint = 100;
public function displayCell(dataFromXML:XML):void
		{
 			for(var i:int = 0; i < 5; i++)
			{		
 				var cell:Sprite = new Sprite();
				cell.graphics.beginFill(0xCCCCCC, 1.0);
				cell.graphics.lineStyle(1, 0x000000);
				cell.graphics.drawRect(0, 0, cellSize, cellSize);
				cell.buttonMode = true;
				addChild(cell);
				cell.x = i * cellSize;
				cell.y = 30;
				cell.addEventListener(MouseEvent.CLICK, onCellClick);
			}	
		}	
 
//Метод запускаемый по клику
		public function onCellClick(e:MouseEvent):void
		{
//Здесь, по идее, должно происходить изменение цвета
			var cell:Sprite = e.target as Sprite;
			cell.graphics.clear();
			cell.graphics.beginFill(0xFFFFFF, 1.0);
			cell.graphics.lineStyle(1, 0x000000);
			cell.graphics.drawRect(0, 0, cellSize, cellSize);
		}