Сложно качественно ответить на вопрос о разнице между "MovieClip" и "Embedded video". Это зависит от контекста задачи
В вашем случае, думаю, никакой разницы.
Да, можно и 301-ым кадром бросить кадр с кодом.
А новый слой создавать — это, считайте, традиция. Графика — снизу, сверху — один слой с кодом. Чтоб потом и самому не путаться, и не мучать тех, кто после вас будет разбираться с исходником.