В кадре просто точку входа создайте. Первый кадр основной временной шкалы:

Код AS1/AS2:
new GameController(this);
А в конструкторе GameController`а уже получите ссылку на временную шкалу. Никаких _root`ов и т.п.
Примерно так:

Код AS1/AS2:
class GameController{
private var _stageReference:MovieClip;
function GameController(stageReference:MovieClip){
_stageReference = stageReference;
createLayers();
createPlayer();
createLevel();
initListeners();
}
private function createLayers(){
// Создаем слои для элементов игры
}
}
Добавлено через 1 минуту
P.S. В некоторых моментах могу ошибаться, возможно те, кто получше меня соображают, как правильнее написать код игры, меня поправят.