Ну.. есть же ссылка на экземпляр клипа
Код AS3:
var newClip:DisplayObject = this.addChild(new Clip());
Можно добавить ее в массив
Код AS3:
_array.push(newClip);
Можно дать имя
Код AS3:
newClip.name = "mc" + i.toString(); // в моем варианте скорее (i/2).toString();
Что лучше — зависит от того, что Вы будете с ними делать потом. Для перебора удобен массив, конечно. Зачем могут понадобиться имена, я вообще без понятия. Если только для идентификации в слушателях..