[wvxvw]

А есть подозрение, что именно захват пользовательского ввода имеет ключевое значение в лаге?
Pepper API это всего лишь оболочка, внутри - тот же плеер, API занимаются общением между плеером и браузером. Так что шансов от перекладывания ответственности на Яваскрипт скорее всего не просто не прибавится, а уменьшится, т.как сообщение между флешем и Яваскриптом осуществляется через эту оболочку.

Трудно что-то посоветовать... нужно точно установить проблему. И совсем не обязательно проблема в PPAPI, она так же может быть и в вашем коде, в каких-то неявных моментах работы с окружением. Например, предположим такую ситуацию: NPAPI передает событие мыши во Флеш раз в 40 миллисекунд, а PPAPI делает это раз в 20 миллисекунд. При этом у вас есть слушатель во флеше, который реагирует на события мыши - казалось бы гугловская оболочка работала лучше (чаще передавала события), но изза того, что обработчик не справлялся вовремя - получалось наоборот.

Нужно тестировать, найти точную причину, и тогда можно и к Гуглу идти с багом, а может и локально можно будет исправить / подстроится.