Ну так наверное и нужно было это уточнить в самом начале.
Возможно поможет установка центра проекции в точку между двумя клипами.

Код AS3:
var pp:PerspectiveProjection = new PerspectiveProjection();
pp.projectionCenter = new Point(stage.stageWidth/2, stage.stageHeight/2);
container.transform.perspectiveProjection = pp;
Добавлено через 14 минут
Накидал пример, изучайте:

Код AS3:
import flash.display.Sprite;
import flash.geom.PerspectiveProjection;
import flash.geom.Point;
function createClip():Sprite {
var s:Sprite = new Sprite();
s.graphics.lineStyle(1,0x000000);
s.graphics.beginFill(0xFFFFFF * Math.random())
s.graphics.drawRect(0,0,100,100);
s.graphics.endFill();
return s
}
var clip_1:Sprite = createClip();
var clip_2:Sprite = createClip();
addChild(clip_1)
addChild(clip_2)
clip_1.x = 100
clip_1.y = 100
clip_2.x = 350
clip_2.y = 150
var container_1:Sprite = new Sprite();
var container_2:Sprite = new Sprite();
var clip_3:Sprite = createClip();
var clip_4:Sprite = createClip();
container_1.addChild(clip_3)
container_2.addChild(clip_4)
addChild(container_1)
addChild(container_2)
container_1.x = 100
container_1.y = 300
container_2.x = 350
container_2.y = 350
var pp:PerspectiveProjection = new PerspectiveProjection()
pp.projectionCenter = new Point(50,50)
container_1.transform.perspectiveProjection = pp;
container_2.transform.perspectiveProjection = pp;
stage.addEventListener(MouseEvent.MOUSE_MOVE, mouseMoveHandler)
function mouseMoveHandler(e:MouseEvent){
clip_1.rotationX = 180 * stage.mouseX / stage.stageWidth
clip_2.rotationX = clip_1.rotationX
clip_3.rotationX = clip_4.rotationX = clip_1.rotationX
}