Использую первый вариант, но классы не называю просто View.
Структура примерно такая:
Код AS3:
app.main.mvc.c.ControllerMain.
app.main.mvc.v.ViewMain.
app.main.mvc.m.ModelMain.
...
app.main.somecomponent.mvc...
Удобно работать с отдельными модулями приложения. Все в одном месте. Ведь каждый комплнент mvc может содержать не только 3 класса. В папке с вью могут быть скины и другие визуальные модули, которые относятся к данному mvc компоненту.