Все верно вы понимаете. Вам нужно на as3 проверить, что
Код AS3:
ExternalInterface.available === true
и повесить соответствующий флаг в js, что флеш загрузился и готов, сразу после
Код AS3:
ExternalInterface.addCallback
и вешать в js по загрузке(onload, например, хоть и избыточно)
Код:
setInterval
который будет ждать флаг.