Забудьте про loader, изменяйте координаты загруженного им контента.

Код AS3:
private function onDiaryLoaded(e:Event):void
{
setSize(e.target.content.width, e.target.content.height); // проблема, скорее всего, в этом методе
addChildAt(e.target.content,0);
}
что если сделать так:

Код AS3:
private function onDiaryLoaded(e:Event):void
{
var img:Bitmap = e.target.content as Bitmap;
img.x = 50;
img.y = 50;
addChildAt(img, 0);
}
?