Помнится был у меня как-то конфликт классов, когда адоби на кой-то добавили нативный класс JSON во флеш плеер.
Я просто переименовал все классы сожержащие JSON в директории APIConnection. Т.е. сделал JSON -> Json
Во вложении уже переименованные классы. Возможно тут та же проблема
так же можно вместо

Код AS3:
JSON.decode(loader.data)
прописать полный путь

Код AS3:
vk.api.serialization.json.JSON.decode(loader.data)
чисто для проверки