[caseyryan]

Его прийдется загружать целиком, обрабатывать, а потом обработанный файл снова записывать.
Загрузить, например, простым URLLoader'ом

var loader:URLLoader = new URLLoader(new URLRequest("settings.xml"));
loader.addEventListener(Event.COMPLETE, onSettingsLoad);
 
function onSettingsLoad(e:Event):void {
       e.target.removeEventListener(Event.COMPLETE, onSettingsLoad);
       var loadedXML:XML	= XML(e.target.data);
       // тут уже можно обрабатывать xml как надо, примеров в сети гора
}

А после составления нового XML с необходимыми настройками, записать его в файл:

var settingString:String = "тут превращенный в строку xml с настройками";
var settings:File = File.applicationDirectory.resolvePath("settings.xml");
var fileStream:FileStream	 = new FileStream();
fileStream.open(settings, FileMode.WRITE);
fileStream.writeUTFBytes(settingString);
fileStream.close();

Естественно это все в общем, для конкретного приложения все нужно будет подгонять.
п.с. Но я лично считаю этот способ не самым удачным. Все-таки для этой задачи лучше рассмотреть вариант с SQLite. По ней тоже примеров полно. Будет удобнее обновлять настройки или создавать новые