[DaFive]

А почему юзерские данные должны пострадать? ALTER TABLE или UPDATE по нужным таблицам ничего не испортят. Только, естественно, предварительно бэкап в юзерскую папку. У меня когда выходит новая версия ПО с изменениями в базе - выполняются запросы к БД, и в таблицу общих настроек записывается версия БД. Новая версия хранится в константе и сравнивается, соответственно, с версией в БД.