[Владимир Буквин]

объединить два файла в один автоматическая система не сможет, потому, что она не знает как это сделать. Файл должен проанализировать человек
Я это делаю через Total commander - сравнение файлов. При этом я копирую те строки, которые созданы другим программистом, к себе, а если встречаются несовместимые моменты, дорабатываю код, так как я знаю суть того, что должно получиться

Добавлено через 4 минуты
Вот объясните мне пожалуйста, как вы сделаете такую задачу через систему контроля версий. К примеру у меня 20 файлов в которые я должен внести изменения, причем в 10 из них должен внести изменения другой программист. Мы работаем одновременно - это нельзя делать поочередно, так как времени нет.