[mooncar]

Ну нет такой возможности, у видео в библиотеке даже свойства Linkage нет для управления им из AS. Да и не поможет это.
Выложите внедренное видео на общий с анимацией таймлайн, чтобы их таймлайны совпадали.

А тормозит не "мувик", а просто само видео, попробуйте перекодировать его с меньшим kbps.
И по поводу рассинхрона - также "поиграйте "при перекодировании значением плотности ключевых кадров FLV.
В мастере импорта (а точнее - в адобовском энкодере) есть такая возможность.
Когда подберете более менее подходящую плотность при перекодировании FLV и когда он ляжет на таймлайн - скорректируете уже саму анимацию, чтобы все стало точно.