[mooncar]

Адекватно и традиционными средствами никак. В AIR вроде бы есть способы.
Выкладывайте iframe на самой странице выше флешки по z-индексу - так, чтобы визуально iframe выглядел ей принадлежащим.
Управлять же содержимым этого фрейма из флешки можно будет.