[Hauts]

Сохранить в видео с прозрачностью проще всего перегнав последовательность .png, полученных программно и потом уже в видео собраных. Если просто из флэша экспортом пользоваться — анимация вложеных клипов будет проигнорирована.

Раскадровка "в лоб" и не нужна. Храните вектр, работайте с растром, получите и относительно небольшой вес и производительность в рантайме. Вот только растеризация займет некоторое время, плеер подвиснуть может.