Можно заэмбедить не саму swf-ку, а класс символа - тогда никаких проблем с управлением этим клипом и работой его собственного кода возникнуть не должно (или я чего-то не помню и надо гнать в swc, Flash IDE позволяет):
Код AS3:
[Embed(source="library.swf", symbol="MovieClipOrSpriteLinkageName")]
private var movieClipOrSpriteClass:Class;
private var clip:MovieClip = new movieCliopOrSpriteClass() as MovieClip;
Т.е. берём все что на главной линейке анимации, загоняем в MovieClip, назначаем имя экспортируемого класса и указываем его в параметре symbol. Важно помнить, что если даже Вы указали MovieClip, но в этом MovieClip только один кадр - он экспортируется как Sprite, ну а если больше - то как и положено - MovieClip.