В каждом файле пишите эту конструкцию?

Код AS1/AS2:
this._lockroot = true;
this.createEmptyMovieClip("container_mc",0);
container_mc.unloadMovie();
А я так сперва понял, у вас есть основная флешка, и несколько подгружаемых.
PS:

Код AS1/AS2:
this.createEmptyMovieClip("container_mc",0);
container_mc.unloadMovie();
- не имеет смысла. После создания пустого на том же уровне предыдущий стирается (в общем случае - без последствий).