Видимо средствами инсталятора AIR никак
Но полно инсталяторов для Win. Они позволяют запускать любые исполняемые файлы EXE и поддерживают разные скрипты, то есть после установки одного дистрибутива AIR приложения запустят другой в нужные директории. Можно попробовать их, возможно что-то подойдет. Например бесплатный InnoSetup