функции флэша вызываются из JavaScript, я так понял, а ни наоборот.
вот к примеру функция из JavaScript

Код AS3:
function onApplicationAdded(event)
{
if (window["flashContent"]!=undefined&&window["flashContent"].externalOnApplicationAdded!=undefined) window["flashContent"].externalOnApplicationAdded(event)
else document["flashContent"].externalOnApplicationAdded(event);
}
в данном примере
externalOnApplicationAdded - ссылка на функцию из ActionScript, зарегистрированная в JavaScript, через ExternalInterface
в IE используется объект document, при обращении к window будет ошибка