можно отрисовывать эффекты на фоновой картинке.

Код AS3:
// animation:MovieClip = мувиклип с анимацией
var bmp:Bitmap = new Bitmap( new BitmapData( stage.stageWidth, stage.stageHeight, true, 0 ) );
var fading:Number = 0.5; //как быстро будет затухать эффект
var fadingFilter:ColorMatrixFilter = new ColorMatrixFilter( [
1, 0, 0, 0
0, 1, 0, 0
0, 0, 1, 0
0, 0, 0, fading
] ); // фильтр затухания
addChildAt( bmp, getChildIndex( animation ) ); // добавляем картинку для затухания прямо под анимацией
addEventListener( Event.ENTER_FRAME, function ( e:Event ):void { // на каждый фрейм рисуем затухание
bmp.bitmapData.applyFilter( bmp.bitmapData, bmp.bitmapData.rect, new Point(), fadingFilter ); // приминяем затухание к текущему изображению
bmp.bitmapData.draw( animation ) // добавляем изображение в текущем кадре
} );