[maxkar]

Угу. Вы загружаете все в один и тот же application domain. В одном appdomain'е вы не можете иметь несколько классов с одним и тем же именем. Если вы попытаетесь загрузить несколько классов, везде будет использован тот, который загружен первым. Грузите каждую флешку в новый (дочерний) ApplicationDomain. Каждую - в свой!

Локально работает потому, что вы локально загружаете в другой security sandobox (и, соотвтетсвенно, в другой application domain).