Все гораздо хуже, Артём...
Код AS3:
var filtersArr:Array = [_shadow, _blur];
mc.filters = filtersArr;
trace(mc.filters[0] == _shadow); // false
В массиве из геттера ссылки не на исходные экземпляры фильтров. То есть не только экземпляр массива другой, сами фильтры были заново созданы где-то в глубинах подсознания ФП.