Попробуйте

Код:
<div style="position:relative">
<div id="block-under" style="position:absolute; z-index:1">Контент над флешкой</div>
<div id="flash-container" style="position:absolute; z-index:0">
<div id="flash">
<object>
</div>
</div>
</div>
В блок с id="flash" публикуется флешка с wmode = opaque или transparent, если не используете SWFObject, то не забудьте и в <embed> прописать такой wmode.